Nous parlons ici du tri des cultures associées car c'est un aspect du tri particulier. Le triage n'est qu'une étape du processus : pour optimiser au maximum son tri, la récolte et le stockage sont à considérer.

Le tri est un élément majeur et représente souvent un frein à la mise en place de cultures associées. Effectivement, trier ses semences peut être « difficile », surtout pour se lancer dans la valorisation de produits à destination de l'alimentation humaine.

Selon Laurent Bedoussac, l'intérêt du tri pour l'agriculteur réside dans la réutilisation de sa semence : « si c'est pour la vendre, le marché est faible.»

Il faut aussi avoir le matériel adéquat. Comme peu de collecteurs possèdent le matériel nécessaire et performant, les agriculteurs qui s'engagent dans l'association de cultures investissent dans leur propre équipement. Cependant, même si le matériel existe, il s'avère être parfois à des coûts exorbitants ! Pour cela, certains agriculteurs préfèrent s'adresser aux CUMA.